查干湖自然保護區是吉林省人民政府1986年批準成立的省級自然保護區。保護區面積為480平方公里，大部分在開發區境內。 保護區核心區位于辛甸泡，泡內生滿蘆葦，是鳥類主要棲息場所；緩沖區位于查干湖夾芯子島以北至辛甸泡水域；生產實驗區位于新廟泡、庫里泡、菱角泡和查干湖夾芯子島以南水域。 　　保護區內現有鳥類有15目34科116種，占全省鳥類總數的35.6%，其中水鳥有13科58種，占本區鳥類總種數的50%。屬國家Ⅰ級保護的有白枕鶴、白頭鶴、丹頂鶴等5種；屬國家Ⅱ級保護的有白天鵝、雀鷹、灰鶴等12種。 　　兩棲類有1目3科4種，爬行類有2目3科4種，獸類4目9科22種。 魚類15科38種，主要有鯉、草、鰱、鳙、鯽、紅鰭？N魚、青魚、鯰魚、黃顙、鰲花魚、武昌魚等。 　　隨著環境保護工作的不斷開展，全區植樹造林面積逐年增加，植被得到恢復，湖泊塌岸得到治理，鳥類數量也明顯增加。中華秋沙鴨、白天鵝等國家級重點保護鳥類年年來保護區棲息和繁殖。