位于蓬萊閣東，坐北朝南，1990年建，為仿古園林式建筑,正門為仿古彩繪牌樓，琉璃瓦覆頂，門額“神游”，大門西側鑲嵌“登州古船博物館”陰刻大理石字碑，東側鑲嵌4方古船航?；◢弾r浮雕。館內設3個展廳：一展廳置蓬萊水城（古登州港）沙盤和兩方PVC顯示板，顯示板分別顯示“登州港古代海內外交通圖”和“登州港變遷圖”。二展廳展出1984年小海清淤時出土的元代古戰船、宋元兩代的石碇木碇、明代紫檀木舵桿和古代各類鐵錨。三展廳展出小海出土文物79件和明代八年（1375）鑄造的銅炮兩尊。1995年，登州古船博物館內共陳列文物100多件，其中一級文物3件，二級文物2件，是國內第二個陳列古船的專題性博物館。