黑水縣以境內黑水河而得名。藏語安多方言稱黑水為“措曲”，“措”生鐵之意、“曲”水這意，引伸為黑水。因河流貫穿全境，河水呈黑色故稱。1952年7月24日，黑水獲得解放，同年9月成立黑水行政委員會（縣級）。1953年12月建置蘆花縣，1954年更名為黑水縣。

黑水縣位于四川省西北部，阿壩藏族羌族自治州中部，青藏高原東南緣橫斷山脈中段北端的岷江上游，與聞名遐邇的九寨溝毗鄰，介于東經102°35′—103°30′，北緯31°35′—32°38′之間。境內最高海拔5286米，最低海拔1790米，平均海拔3544米。縣城蘆花海拔2350米，距省會成都310公里，距州府馬爾康176公里。位于大九寨旅游環線之內，交通便捷，通訊暢通。

地勢由西北向東南傾斜，平均海拔3,544米。高差1,000～2,000米。四周群山環繞，境內群山屹立，山巒起伏，雪峰對峙，河谷深切。海拔5,200米以上雪峰4座。色爾古河壩最低，海拔1,790米，境內岷江上游三條支流黑水河、毛兒蓋河、小黑水河和48條溪流形成網系。
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