保護區地面峰巒星羅棋布，每平方公里有山峰多達80多座，一般的也有20多座，海拔均在400-600米。有的山峰重迭成峰 ，而且山中溶洞繁多，洞內山水廳奇觀待于開發旅游。 　　保護區植被，屬北熱帶石灰巖山地常綠雨季林，植物種類繁多，計有166科673屬1282種。喬灌木樹種500多種，優良速生樹就有50多種，其中珍貴樹種，如：枧木、金絲李、椎木、密花美登木、金花茶等就多達10多種。藥用植物714種，纖維植物130多種，油脂和蠟類植物56種，橡膠植物31種，芳香參?8種，野果植物43種，飲料植物13種，飼料植物82種，染料植物14種，蜜源植物17種，有毒及農業植物35種。在碳酸鹽溶巖地區有如此種類繁多，而且異常茂盛的植被，在世界上實為罕見。此外，保護區內動物資源也十分豐富，計有21目52科117種和亞種。其中獸類有7目16科20種；鳥類有10目26科73種；爬行類有3目6科17種；兩棲類有1目4科7種。列入國家一類保護動物的珍貴白頭葉猴計有300多只，占世界總存活量的一半；國家二類保護動物的，有黑葉猴、冠斑犀鳥；國家三類保護動物的，有彌猴、大靈貓、穿山甲、麝、南蛇、蘇門羚、白鵝、原雞等。如此豐富多彩的自然生態體系，無疑是難得的科研基地，也是旅游的好地方。 　　近年來，在保護區修建了富有民族特色的高級有賓館--花山民族山寨，木樓內設豪華客廳、餐廳、舞廳等服務設施，并備有各類游船為往返花山及保護區游覽的游客提供服務。