藥山位于巧家縣境內。金沙江和牛欄江環山而過。藥山山體面積220平方公里，主峰金頂山海拔4042米，雄踞于昭通群峰之上。 由于受北?東向構成控制發育成型，藥山走向近于北?東。西坡地勢陡峭，懸崖絕壁從兩江匯流的谷地中凌宵而起，柱地擎天，高不可攀。南坡地勢較為平緩，藥山自然保護區的主要林區，詭異瑰麗的高山巖溶景觀都集中在這一片。 藥山被以烏蒙冷杉為主的針頁林和以高山櫟為主的常綠闊葉林構成的原始森林覆蓋。天然林的蔥郁，為野生藥材、珍稀植物生長和野生動物生息繁衍創造了良好的條件。藥山本因出廠各種藥材而得名，著名的野生藥材有柴胡、黨參、貝母、天麻、蟲草、黃芪、草烏、防風、龍膽草、仙茅參、刺參、黃連等藥，在中藥市場素享盛名；野生動物如虎、豹、熊、豺、牛羚、野豬、金貓等，出沒林莽雜叢間；而大面積的珙桐群落，更是國內外罕見的奇觀。