幽棲寺位于南京市南郊祖堂山的南麓，始建于南朝劉宋大明三年(459年)，是“南朝四百八十寺”中早期的著名廟宇，距今已有1500余年的歷史。 祖堂山與牛首山似斷若連，層巒疊翠，主峰削如芙蓉，高矗云霄。南麓茫茫竹海，古木參天，原名幽棲山。南朝劉宋大明三年(459年)，在此建寺，即以山為名，稱幽棲寺。唐太宗貞觀(627-649年)年間，高僧法融禪師在此山北崖洞穴中修行，得禪宗四祖道信嫡傳心法，創立禪宗的一個支派“牛頭宗”，被稱為“南宗第一祖師”。幽棲寺為牛頭宗即“江表牛頭”的發祥地，亦被譽為南宗祖堂，由此改名祖堂寺。幽棲山亦隨之更名為祖堂山。晚唐光啟(885-888年)中，寺廢。 楊吳太和二年(930年)重建，改稱延壽院。幽棲寺地勢幽靜，竹海松濤，置身其中，令人塵慮頓消，幽思無限。南唐烈祖李異在政務倥傯之際，常來此山游賞，中主李瑕也多次來此禮懺拜佛，后主李煜更在此處大興土木，造寺千間。南宋治平(1064～1067年)年間，恢復幽棲寺原名。 明代重建該寺，又稱祖堂寺。寺廟依山而建，規模宏大，自山腳至山門，為一冗長古道，林木參天。繁葉蔽日，殿閣僧舍，錯落有致。據《金陵梵剎志》記載：明代祖堂寺內主要殿堂有金剛殿、天王殿、佛殿、千佛殿、觀音殿、華嚴殿、水陸殿等。除觀音殿為三檻外，其余各殿均為五楹；另有三層十五楹禪堂、二層十楹齋堂及五楹廚庫、茶寮各一座。寺院基址占地240余畝，田地山塘500余畝。幽棲寺在明代還管轄著附近的幾座小剎。寺前并建有一座無梁殿及回廊、渡橋等建筑。