位于我國大陸海岸線最西南端的廣西壯族自治區防城港市西南沿海地帶，包括東起防城區江山鄉白龍半島，西至東興市東興鎮羅浮江與北侖河匯集處的灘涂和部分海域,保護區于1985年建立縣級紅樹林保護區，1990年晉升為省級海洋自然保護區，2000年4月經國務院批準晉升為國家級自然保護區，以紅樹林生態系為保護對象。2001年7月，加入中國人與生物圈（MAB）組織，2004年7月加入中國生物多樣性保護基金會自然保護區委員會。2004年3月成功申報UNEP（聯合國規劃署）/GEF（全球環境基金）/SCS（扭轉南中國海和泰國灣環境退化趨勢項目）“防城港國際紅樹林示范區”項目.保護區南瀕北部灣，西與越南交界（北侖河為中越兩國界河),保護區內有紅樹植物15種（其中真紅樹10種、半紅樹5種），主要紅樹植物種類有白骨壤、桐花樹、秋茄、木欖、紅海欖、海漆、老鼠勒、欖李、銀葉樹、闊包菊、鹵蕨、水黃皮、黃槿、楊葉肖槿、海芒果等。其他常見高等植物19種，大型底棲動物84種，魚類27種，鳥類128種（屬國家二級保護動物13種）。具有較高的生物多樣性。保護區內的紅樹林有林面積12.60平方公里，主要的紅樹植物群落類型有白骨壤群落、桐花樹群落、秋茄群落、木欖群落和老鼠勒群落等12種，其中老鼠勒群落分布面積較大為國內少見。此外，保護區核心區還發現有大面積珍稀海草—矮大葉藻。 保護區地理位置特殊，珍珠灣內生長著我國大陸海岸連片面積最大的紅樹林，，是候鳥遷飛的重要中繼站。