墨竹工卡縣地處西藏中部、拉薩河中上游、米拉山西側。面積5512平方公里。

該縣地處藏南雅魯藏布江中游河谷地帶，屬拉薩河谷平原的一部分。境內山川相同，河谷環繞，草原廣布。地勢呈東高西低，平均海拔4000米以上。屬高原溫帶半干旱季風氣候區。年無霜期約90天左右，年日照時數為2813.1小時。年降水量515.7毫米，降水集中在每年的6—9月份。由于地理原因，境內自然災害多而頻繁。春秋之季多早、晚霜害，夏季常遭雷雨和冰雹襲擊，干旱與洪澇極易成災。漫長的冬季干燥與風沙相伴。冬春之交，動機受雪災威脅。
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