過了奎文閣便是十三碑亭院，這里是孔廟的第六進院落。十三碑亭始建于唐代,元代添建二座,清代添建九座,亭內存有唐至民國碑刻50余塊,碑文多是皇帝對孔子追謚加封、拜廟新祭、派官致祭和整修廟宇的記錄，由漢文、八思巴文(元代蒙古文)、滿文等文字刻寫。整個碑亭布局南八北五，所以稱十三碑亭，因為都是經皇帝批準立的碑，因此又叫御碑亭。其中清康熙二十五年(1686年)所立的一塊石碑是最大的，碑重約35噸，加上馱碑？P？詮倉卦？65噸。