灌云縣轄8個鎮、12個鄉：伊山鎮、板浦鎮、楊集鎮、燕尾港鎮、同興鎮、四隊鎮、圩豐鎮、龍苴鎮、伊蘆鄉、魯河鄉、圖河鄉、沂北鄉、下車鄉、白蜆鄉、東王集鄉、侍莊鄉、小伊鄉、穆圩鄉、陡溝鄉、南崗鄉；東辛農場、五圖河農場、灌西鹽場。

【沿革】？年轄7個鎮、19個鄉：伊山鎮楊集鎮同興鎮四隊鎮板浦鎮龍苴鎮燕尾鎮寧海鄉魯河鄉穆圩鄉東王集鄉白蜆鄉東辛鄉陡溝鄉伊蘆鄉小伊鄉圖河鄉下車鄉向陽鄉侍莊鄉界圩鄉南崗鄉伊山鄉沂北鄉圩豐鄉

2003年轄8個鎮、13個鄉。

根據江蘇省政府《關于同意調整連云港市部分行政區劃的批復》（蘇政復[2005]37號）和連云港市政府《關于將灌云縣寧海鄉劃歸新浦區管轄的通知》（連政發[2005]111號），將灌云縣寧海鄉整建制劃歸新浦區管轄。行政區劃調整后，灌云縣行政區域面積1834.56平方千米，人口104.55萬，轄8個鎮、12個鄉。