會徽形似一個“花”字的變體，又像是一只翩翩飛舞的花蝴蝶，其黃、紅、藍三部分分別為C、Y、B三個字母，是“CHINA”及“園博”漢語拼音字母的縮寫，又分別代表植物的果、花、葉———黃燦燦的果實、紅彤彤的花朵、綠油油的葉脈。現在大家見到的園博會會徽為第三屆中國國際園林花卉博覽會的承辦單位———上海市園林局獻給園博會的一件厚禮，自第三屆園博會以后一直沿用，第五屆園博會第六界園博會除沿用會徽的圖案外，還在右下角加注了“SHENZHEN2004”和“XIAMEN2007”字樣，以突出園博會的舉辦地和時間。