藏 經 閣 為兩層文物樓。建于1936年。樓下是法堂，是僧人講經說法的地方。二樓是玉佛寶殿，有緬甸玉佛28尊，并珍藏中外佛典經書數萬卷。其中較為珍貴的有宋代《磧砂藏經》，明代《大藏經》、《佛說阿彌陀經》、血書《妙法蓮花經》、《日本大藏經》等，還有唐代銅佛、宋代銅塔、明代觀音菩薩施甘露像，以及高僧大德的墨寶。 1924年，南普陀寺由臨濟宗轉逢和尚改為十方叢林選賢制，會泉法師任第一任方丈。寺內有1925年創辦的為國內最早的佛教學府－－閩南佛學院。1934年，弘一法師又增辦佛教養正院，迎來了南普陀寺建寺以來前所未有的興旺時期。1937年，佛學院因抗戰而停辦。十幾年間佛學院共培養學生200余人，不少人為馬來西亞、新加坡、菲律賓等東南亞國家的佛教事業做出巨大貢獻。1985年，佛學院重新辦學，現設養正院、預科班、正科班，各為兩年制.