樺甸市位于吉林省中部偏東南、松花江上游，幅員面積6250平方公里，占全省面積的3.45%，是吉林省幅員面積較大的市（縣）之一。樺甸市東界敦化，南臨靖宇、撫松、輝南，西接磐石，北與永吉、蛟河毗連。絕對地理位置為東經126°16′-127°45′，北緯42°34′-43°29′。

樺甸地處長白山區向松遼平原過渡的前緣，地勢起伏，東南、西北高，中間低，是典型的半山區。境內南樓山最高，海拔1404米，錯草溝屯地勢最低，海拔僅249米，高低相差達1155米。全市總的地貌結構特征為“八分山林，一分田，一分草地、村屯、道路和水面”。

樺甸屬于北溫帶大陸性季風氣候。年平均氣溫為3.7℃，10.0℃以上活動積溫年平均2731℃；年平均日照為2379小時，日照率為54%；年平均降水為748.1毫米，且多集中于7至8月份；初霜多在9月20日前后出現，終霜在5月15日后結束，無霜期平均為125天左右，適合各種早中熟農作物的生長發育。

樺甸市地理位置優越，交通便捷，已形成四通八達的交通網絡。西距磐石67公里，北距吉林市110公里，距省會長春市240公里。到2004年末，已建成公路90條，通車里程1106.8公里，煙（筒山）白（山鎮）鐵路樺甸段92.5公里，有14個站、所。正在修建的長春―長白山國家一級公路穿境而過。