1602年奠基，1637年全部竣工，而教堂前一段長石階則于稍后完成。這間教堂與火結下不解之緣，從其雛型起始，至現時僅存的前壁牌坊，先后經歷三次大火，屢焚屢建，是一所活生生的歷史見　。 　　1835年1月26日黃昏，圣保祿教堂失火，一發不可收拾，焚燒了兩個多小時，整幢教堂幾乎付諸一炬，幸好教堂最珍貴的前壁仍能保存屹立，成為今日的大叁巴牌坊，期間曾數度修葺，最近一次大規模的維修保養工程于1991年進行。 　　當年的圣保祿教堂建筑，糅合了歐洲文藝復興時期與東方建筑的風格而成，教堂前寬闊的68級長石階梯，更突出了卓爾不群的氣勢和顯赫的地位。圣寶祿教堂建成后，在遠東享有盛名，它不僅是遠東最大的天主教堂，也是遠東第一所西方大學，許多西方傳教士都到此研修天主教義，如明朝時意大利傳教士利馬竇、德國傳教士湯若望等著名人物。中西合璧、雕刻精細，單獨是大叁巴牌坊的造價，三百年前已達三萬兩銀。