建于一九三八年，其設計以澳門主要教堂的巴羅克式為主。圣堂外墻以奶白色為主，還有橢圓形的窗戶及鐘樓。在圣堂的前面還建有于一九一零年戰勝海盜的紀念碑，而且在教堂內仍然存放著一些亞洲最神圣的遺物，在一個銀制圣骨匣中存放著圣方濟各的臂骨，圣人在日本傳教后，打算進入中國，他于一五五二年在距離澳門七十公里的上川島逝世。教徒于日本被迫害期間，二十六名天主教外籍及日籍神父于一五九七年在長崎被釘十字架殉道而數以百計的日本教徒于一六三七年在“SHIMABA-RA”革命中被殺害，還有一些殉教者的骸骨被帶往澳門存放在圣保祿教堂，但因一次大火將整座圣保祿大教堂焚毀，所以，這批骸骨就轉送大堂存放，直至一九七四年，再遷移到圣方濟各圣堂安放。