萬佛堂下有孔水洞，原為一巖溶洞穴，洞內有泉，水勢洶涌。洞壁存有陪大業十年（614年）刻經和隋唐時代雕像?？探洿蟛磕缬谒?。 　　孔水洞由人工砌成高大的券口，是天然溶洞，洞內有泉，可乘舟駛入。 離洞口不遠的石壁上有隋唐時代的造像和刻經。造像高1米，寬2.5米，依巖開鑿，總計6尊，與云崗、龍門石窟相似。1982年該洞一度干涸，曾出土動物化石、鐵器和7條唐代金龍。萬佛堂孔水洞的兩翼各有一座塔，左翼是小龕密布的花塔，遼代創建，通高約20米。右翼名叫“齡公和尚舍利塔”，創建于元代，為八角形七級密檐式，通高約18米。萬佛堂孔水洞是房山石經早期刻經地點之一，在 “房山石經學”方面占有重要位置。為北京市級重點保護文物。