加查地處藏南雅魯藏布江中游河谷地帶，四面環山，多河流峽谷地帶。地勢西高東低，平均海拔３２００米。聶拉降巴雪山海拔６７００米，為境內最高點。加查是雅魯藏布江中游地區一個多水系、多湖泊分布的縣，主要湖泊有拉姆拉錯、雍錯、江斯拉錯等大小湖泊１６０個，面積較小，多系滑坡、泥石流、洪積及山崩等物質堵塞河谷而形成的堰塞湖。屬高原溫帶半干旱季風型氣候區，光照充足，輻射強，日溫差大，雨季集中，冬春季干燥多風。年均氣溫８．９℃，年日照２７５０小時，年均降水４９２．７毫米，集中在５～９月，占全年降水量的９３％，無霜期１４９天。自然災害主要有洪水、冰雹、霜凍、干旱、病蟲害等，其中洪水是主要的自然災害。冰雹年均３次，集中在７～８月。