瓊結縣處藏南谷地，雅魯藏布江中游的瓊結河流域。西、南、北三面環山，東面為狹窄谷地。地勢西高東低，平均海拔3900米左右，最高海拔6450米。屬高原溫帶半干旱季風氣候區，有氣溫年較差小，日較差大，日照時間長，干濕季分明，降水集中，氣候干燥，冬春多風等特點。年無霜期125-153天。年日照時數2830小時。年降水量345毫米自然災害主要有旱、洪水、冰雹、病蟲等。